由于我国铁路局是具有法人资格的铁路运输企业，落实它们的市场主体地位是市场经济的本质要求。铁路的联动性及过口收费价格确定的高成本都决定了铁道部在履行行业管理职能时，要保持铁路运输调度集中统一，维持路网完整统一，统一标准制定和协调市场开发的必要性。我国十八个铁路局不是在市场经济框架下自发生成的铁路运输企业，并没有生成和锻炼出较强的自我生存、自我发展能力。同时，铁路运输的密度经济特征及我国特定发展阶段和路网建设状况所决定的铁路基础性、开发性等属性仍较强，决定了在政府外围区域铁路补贴政策不明确的情形下，在路局间进行交叉补贴的必要性。而区域间交叉补贴说明集中清算在现阶段还有存在的必要性，但必须创设激励机制，扩大运输企业多元经营自主权，以增加铁路运输企业开拓市场、增进效益的主动性、积极性和创造性。
当前，我国正在进一步落实铁路运输企业市场主体地位。铁道部在推进这一进程中居于主导地位，既面临权利下放、权责重新分配和匹配，又要加快推进以政企分开为目标之一的管理体制机制改革。各国的铁路管理体制和改革没有完全可供照搬的成功模式和标准范式，由于特殊的国情和路情，我国铁路管理体制机制改革需要注重渐进性和开创性，既要摸着石头过河，又要加强顶层设计，以规范和指导铁路管理体制机制改革和发展。在落实铁路局市场主体地位进程中需要注意以下几个问题。
一、扩大铁路运输企业自主经营权是落实铁路运输企业市场主体地位的前提
铁路运输企业作为铁路运输服务的提供者，遵循价格机制和市场对资源的基础性配置作用规律是市场经济的内在要求。铁路运输企业要为社会和消费者提供运输服务，需要劳动力、物资、土地、资本、管理等生产要素投入，并让要素取得适当回报。因为要素是在要素市场上取得的，若没有达到社会平均回报率，要素就不能充分投入，产出或服务就随之减少。为维持其提供服务的可持续性，铁路运输企业需要注重投入和产出的平衡性，即维持一定的经济效益。也就是说，铁路运输企业虽然承担了一定的公益性运输或其他政策性运输任务，但主体运输需求是来自其他市场主体的，因而具有经营性。因此，赋予铁路运输企业经营自主权是落实铁路运输企业市场主体地位，是让铁路运输企业成为自负盈亏、自我激励和自我发展的市场主体的前提条件。
二、明确的补贴政策可以促进铁路运输企业实现自我激励
铁路运输是一种具有公共性和外部性的基础性服务，同时，铁路运输还具有运输密度经济特征。铁路运输的公共性、正外部性及开发性决定了应该对铁路运输施以一定补贴，特别是铁路运输在承担公益性运输、涉农物资运输、抗灾救灾运输、军事运输等运输任务的实际情形下，铁路运输应该得到一定补贴。另一方面，铁路客运可以看作是社会民众基本出行权的扩展，公共交通的拓展。维持基本品（如农产品、基本住房和基本出行服务）的充分供给是丰裕社会的基本特征。对铁路客运（基本品）进行补贴是维持铁路客运充分供给的有效方法，也是当今发达国家的通行做法。
运输密度经济、网络经济特性决定了铁路运输具有联动性和交叉补贴的合理性。考虑到这两种特性，特定区域铁路运输企业的自负盈亏目标就难以实现。而若进行财政补贴或外部补贴，则补贴程度或补贴价格的决定又是繁琐和困难的，也就是说补贴价格的发现成本是高昂的。自负盈亏不能做到，并不等于说自我激励也就难以做到。明确补贴程度、创设激励机制仍可以做到自我激励和自我发展。
三、落实铁路运输企业市场主体地位需要转变铁道部职能
落实铁路运输企业市场主体地位与建立现代企业制度息息相关。早在十四届三中全会上，中央就提出建立“产权清晰，权责明确，政企分开，管理科学”的现代企业制度。然而，政企分开在我国铁路行业实现的路线图、时间表及总体方案需要深入研究。因为铁路运输有公益性、开发性、战略性、基础性等特征，而这些特性随着铁路建设、经济发展阶段和产业结构升级变迁等表现出动态性。
铁路产业一直是各国政府介入最深和退出最晚的行业之一。欧、美、日各国铁路产业的民营化改革基本上是在公路、民航等替代性运输方式快速发展，运输市场逐渐呈现买方市场特征；国有铁路企业经营业绩差，财政负担沉重；铁路路网基本完备，铁路所具有的开发性、战略性、基础性功能递减或弱化的宏观条件下进行的。改革试图实现政府退出铁路运输，但都只是在一定程度上做到了这一点。欧洲实行“网运分离”，路网公司一般为国有公司，而一些运输公司如德铁、法铁等也是政府控股；Amtrak为国有企业；日本国铁虽然在1987年按地域拆分为六个区域性公司，并实现民营化运营，但三岛区域客运公司仍需经营稳定基金来补贴。也就是说，铁路运输行业的政企分开目前只能是政府不干预运输企业经营自主权，包括一定程度的定价权，但政府对于铁路运输的补贴和监管及一定程度的价格规制都是必要的。
根据我国国情、路情，落实铁路局市场主体地位首先需要转变铁道部职能，下放部分经营权利，扩大路局的经营自主权，而铁道部重在指导、协调、监管和规范职能。同时，在国家没有明确的外围区域运输补贴政策下，在现行十八个路局区域格局下，在过口管理及价格发现成本高昂的条件下，铁道部还须统一运输调度指挥，保护路网完整性，并在标准制定和路网规划建设方面负起行业管理职能；而且现行的集中清算制度可以保证必要的交叉补贴，但必须创设明确有效的激励机制，扩大运输企业开拓市场、增加效益的主动性、积极性和创造性。
当前，在推进路局实施多元化经营战略的同时，把企业运输经营所必要的管内运输组织和运输产品系列开发、管内部分营销运价政策实施、物资采购、资产运营以及计划、财务、劳资、用工等方面的权利和责任对等地下移到路局企业。争取做到，路局企业自主开发能灵活适应市场需求的运输新产品；自主决定扩大或缩小多元化经营规模；更多管内运输能力调配权；自主设定内部组织结构；自主劳动用工制度试点。
