大连海关将海关特殊监管区域及保税监管场所作为推动辽宁经济发展的引擎，充分发挥其功能优势，全力推动对外贸易结构优化、促进加工贸易转型升级。目前，辽宁省共有4个海关特殊监管区域和1家保税物流中心以及48家保税仓库和出口监管仓库。2011年，大连关区特殊监管区域和保税监管场所进出境货物751.8万吨，进出口总值达99.06亿美元。
“直通关”模式实现保税物流中心“区港联动”。 2009年正式封关运作的营口港保税物流中心是国内唯一一家坐落于港区内的保税物流中心，同时也是东北地区第一家保税物流中心。保税物流中心结合其坐落于港区内的区位优势，中心业务与港口、铁路形成有效对接，开创了进出境货物无需转关即可进出保税物流中心的“直通关”监管模式，实现了真正意义的“区港联动”，大大降低了企业物流成本。目前，营口港保税物流中心已吸引鞍钢、本钢、中石化、富士康等50多家大型企业通过中心开展业务。
拓宽出口加工区物流功能，为企业量身打造通关模式。发挥“分拨集散”功能，积极吸引物流企业入区。大窑湾保税港区启用四年来，大连海关先后推出了 “先提后报”、“车船直取”、“分批出区、集中报关”等便捷高效的通关措施，保税港区功能优势和便利措施吸引了众多跨国企业。四年来，大窑湾保税港区累计进出口货物2420万吨，货值626亿美元。
此外，大连海关还积极探索新型特殊监管区域模式，整合优化特殊监管区域功能，拟将保税仓库、出口监管仓库功能“合二为一”予以整合，提高库房、场地利用率和物流效率，降低企业运营成本，通过不断完善特殊监管区域功能优势，拓宽业务经营空间，真正服务于企业。
