三、适用免抵退税的企业范围不同
出口货物适用免抵退税的企业范围仅限于具有增值税一般纳税人资格而且具有实际生产能力的生产企业和生产性企业集团公司。
应税服务提供者不仅要具有增值税一般纳税人资格，而且还必须提供适用零税率的应税服务，即提供国际运输服务、向境外单位提供的研发服务和设计服务。
需要说明的是，在营业税改征增值税的试点地区的具有增值税一般纳税人资格的生产企业和生产性企业集团公司，其出口货物仍然依照生产企业出口货物免抵退税进行管理。
四、适用免抵退税的出口范围不同
生产企业货物出口到规定的海关特殊监管区（不含一般保税区），适用免抵退税办法。
应税服务提供者从境内载运旅客或货物至国内海关特殊监管区域及场所、从国内海关特殊监管区域及场所载运旅客或货物至国内其他地区以及在国内海关特殊监管区域内载运旅客或货物，不属于国际运输服务。
应税服务提供者向国内海关特殊监管区域内单位提供研发服务、设计服务不实行免抵退税办法，应按规定征收增值税。
五、免抵退税额的计算依据不同
生产企业出口货物是按照出口货物报关出口的离岸价格计算免抵退税额，出口货物的运保佣等FOB价外收取的其他费用，不得作为计算依据计算免抵退税额。
应税服务是按照提供零税率应税服务取得的全部价款扣除支付给非试点纳税人价款后的余额计算免抵退税额，提供应税服务取得的价款和其他价外费用全部作为计算依据计算免抵退税额，当然支付给非试点地区纳税人的价款，应当从全部价款中扣除后的余额作为计算免抵退税额的依据。
六、计算免抵退税额适用的出口退税率不同
生产企业出口货物计算免抵退税额的退税率是出口货物商品编码对应的出口退税率，是按国家税务总局下发的出口退税率文库来执行的。
应税服务计算免抵退税额的退税率是其在境内提供对应服务的增值税税率，即国际运输适用11%的退税率，研发服务和设计服务适用6%的退税率。
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