各给惠国为了保护本国工、农业生产，在其普惠制实施方案中，都制定了保护措施。保护措施可分为四大类：
(1)例外条款（或称免责条款）：当从受惠国优惠进口某项产品的数量增加到对给惠国相同产品或有直接竞争性产品的生产者造成或可能造成严重损害时，给惠国保留对该项产品完全取消或部分取消关税优惠待遇的权利。
(2)预定限额：是给惠国根据本国和受惠国的经济及贸易情况，预先统一或个别地根据一定比例规定一定时期（一般为1年）内某项产品的优惠进口限额，达到这个限额，将（或可能将）停止或取消给予的关税优惠待遇。预定限额包括：最高限额、关税配额、国家最大额度以及固定免税额度。
(3)竞争需要标准：又称竞争需要条款，美国采用这种保护措施。其规定是：如果在一个年度内，来自某一受惠国家（或地区）的某项产品优惠进口额，超过竞争需要限额或超过美国该项产品进口总额的50％，则取消下一年度该受惠国(或地区)这项产品的优惠待遇。竞争需要限额每年核定，随美国国民生产总值的增长逐年略有提高。
(4)“毕业”条款：美国从1981年4月1日起率先采用的一种保护措施。即对一些受惠国家（或地区），或对他们的某些产品，当其在国际市场上显示出较强的竞争能力时，取消其享受优惠的资格，称其为“毕业”（GRADUATION）。1988年1月29日，美国政府宣布：从1989年1月1日起，取消新加坡、南朝鲜、台湾和香港出口至美国的产品享受普惠制待遇的资格，这是美国援用“毕业”条款的典型实例。
欧洲经济共同体有类似“毕业”条款的说法，称之谓“区别对待”。
(5)双重联合机制：是欧洲联盟从1995年1月1日起实施的一种新的保护措施，它由二部分组成：一是对优惠幅度的调整；二是与之相配套的紧急保护，即“毕业机制”。