与国家铁路局“三定”编制同时进行的中国铁路总公司机构编制也初有眉目：总部层面，原铁道部旧有的职能部门除公安局之外，其余部门被改换名称之后全数保留下来，此外，铁总还增设了物资管理部等一些新的部门。垂直层面，原铁道部下属的18个路局仍全部由铁总管理。（5月22日《21世纪经济报道》）
考虑到铁路行业的特殊性，铁路总公司并非一般意义上的市场化企业，但其在接管原铁道部的企业职能时，同样要在机构、岗位的设置上，向市场化企业的那种精简、高效、灵活靠拢。
就目前的机构编排来看，铁路总公司确实承接了原铁道部的企业职能，而且也未将铁路公安并入，这些进步值得肯定。不过，现在的做法实在让人难以接受。之所以拆分铁道部，除了政企分开之外，更重要的目的是通过改革实现机构精简、裁撤冗员，使承担铁路运输业务的总公司轻装上阵，以企业的灵活性，来盘活铁路运输的整个经营体系。反观现在这种思路，恐怕会越改越庞大、越改越臃肿。
机构精简遇到阻力不是不能理解，但一味回避阻力，实在说不通。减机构、编制的确会对固化的利益格局形成触动，但改革不能为了减少阻力，从而弱化改革的初衷，以更加庞大的机构架构消解机构精简的本意。
不论如何，机构不减反增的改革操作，难逃换汤不换药之嫌，这绝非此次职能转型的初衷，与公众预期相违。更重要的是，一旦维持着臃肿的机构和编制，谁能保证作为铁路运输经营主体的铁路总公司不会将运转成本转移到票价上，从而由公众埋单呢？
