1998年1月27日，长江口深水航道治理一期工程开工，化解百年难题的恢弘篇章就此拉开帷幕。2000年3月，一期工程顺利完成，实现了8.5米目标水深航道并试通航。建成总长74.89公里的堤坝，其中，南北导堤57.89公里，潜堤3.2公里，线堤1.6公里，堵堤0.73公里，丁坝10座，疏浚航道51.77公里，完成投资31.68亿元，航道水深由7米增深到8.5米。2002年4月二期工程开工，2005年3月，10米水深北槽双向航道全面贯通，并通过国家验收。二期工程共建成堤坝66.37公里，其中，南北导堤39.387公里，丁坝9座，疏浚航道74.471公里，完成投资59.6亿元，航道水深由8.5米增深到10米。今年3月，全长约92.2公里，底宽350～400米的三期航道实现了12.5米通航水深的全线贯通，三期工程取得圆满成功。预计到年底，长江干线航道将实现千吨级船舶通航至宜宾；万吨级船队全年到达城陵矶，季节性到达重庆；五千吨级船舶全年通达至安庆，并季节性通达宜昌；八千吨级船舶季节性到达武汉；五万吨级海轮全年直达太仓，季节性到达南京。长江航道的通过能力有望进一步提高，水运潜能得到进一步释放，优势进一步发挥，服务能力进一步增强，长江水运在综合运输体系中的地位进一步提高。
深水航道利处
“三期工程完成后，长江口受益船舶产生的经济效益更加明显。大宗散货、石油及制成品、集装箱等三大货种运输船舶因运输费、中转费节约和中转损失减少产生的直接经济效益进一步增加。”上海航道管理人士称，“据初步预测，长江口12.5米深水航道运行第一年，直接经济效益将达到152亿元，2015年以后，该金额可达到196亿元。”
长江黄金水道的航运潜能得到进一步的释放。长江水运，这种占地少、成本低、能耗少、污染轻、运能大、效率高的运输形式，以较小环境代价获得巨大的绿色运能，降低了运输链上物流成本，有利于优化中国交通运输结构，加快构建现代化综合运输体系。
长江深水航道将有利于沿岸经济，对东部率先、中部崛起、西部开发的经济布局的推动作用将达到前所未有的高度。
长江深水航道三期工程完工，将有利于沿江近200家“全国500强”企业的85%矿、煤运输，提供增长的空间，也有利于区域经济新一轮经济结构调整和优化产业布局，为打造长江航运发展成为中国内河第一、世界内河一流目标打下坚实的基础。
深水航道不足
任何事物都是一分为二的，任何一项伟大的工程，都是有利必有弊的。人们应以科学的、客观的眼光看待长江深水航道存在的不足。
不安全港口困惑
长江下游航道水流走向和流速变化。由于92.2公里长江深水航道三期工程建成，主航道水深加深到12.5米后，主航道内流速加快，其相邻水域，因水流向改变而流速放慢，泥沙沉积加大、浅滩变迁、相邻航道（如外高桥航道）变浅，以及码头前沿水深亦变浅，无法满足交通运输部《海港总平面设计规范》要求的与深水航道水深都应达到12.5米，结果5000TEU型船先后在外高桥航道座浅、引水或船长为了开快船脱浅，而倒船不及，发生船舶触碰事件。
因港口码头前沿或深水道相邻水域变浅，又未及时宣布和采取相应安全措施，在租约中，租船人要承担所有巨大理赔责任，这与上海作为世界第一大集装箱吞吐量港口地位极不相称。
因长江深水航道建成后，宝山浅滩因水流变化和流速变化，新浏河浅滩已南移，造成多起船舶擦浅或搁浅事件。
通航密度大
尽管长江12.5米深水航道三期工程完工后，5万吨级船舶或5000TEU型船可以全潮进达太仓港，10万吨级船舶或8000TEU型船可乘潮进港，但由于长江深水航道承担沿岸企业85%矿石和煤炭运输、90%外贸货运输，近年来水运量大增，加上船舶大型化、高速化、集装箱化趋势加快，长江下游沿岸码头如同雨后春笋般涌现，江苏沿岸，仅南京以下就有万吨级泊位200多个，这使长江口通航密度显著增大。
根据常年在上海长江口北槽航行的引水员介绍：长江口北槽在高潮时，满载超过五万吨的船舶，只能排队进槽（槽内航行），同时要控制船速≤15节，前后船舶间距0.1海里，通常一个潮水只能进17～18艘，这样的船舶通过量已满足不了长江江苏段沿岸企业和经济发展的需要。
笔者建议：在12.5米深水航道初步建成后，应加快建设长江干线安全的全方位复盖、全天候运行，加快建设一支反应快速能力的现代化安全监督和应急救助体系，完善长江干线基地，站点布局和功能。提高船舶安全性能，加强长江危险品管理，做好危险源监控和预警、预报、预防制度。提高对极端天气、地质灾害和航道应急抢通能力，有效降低重大事故所造成的损失。加快实施长江口航道发展规划，在确保长江口北槽12.5米水深主航道畅通的同时，进一步向上延伸，北港、南槽和北支等航道资源得到合理开发利用和有效保护，以适应流域经济发展对长江口航道的需求。
维持成本高
维护12.5米深水航道成本不亚于新开挖时成本，因为开挖是一次性的，而维护是持久的。据上海航道局称：“每年6月开始，长江上游洪水来袭，持续长达30天，对长江口深水航道产生较大影响。5月份回淤量仅为482万立方米，7月份回淤量增加到1125万立方米，为5月份的2.32倍。这对维护疏浚通航提出更高要求，在6—10月长江洪水期期间，上海航道局要投入13艘4500万立方米耙吸式挖泥船昼夜营运，月最大挖泥量可达1100万立方米。”其航道维持成本之高，可见一斑。
污染风险加大
长江深水航道建成，使10万吨级油轮和30万吨废钢船都能乘潮或全潮进出长江下游，万吨级化工品船或5000箱位装有不同品种危险品集装箱船内存危险品量越来越大，这都给长江下游，尤其是南京以下水域增加污染的风险。化工品船因碰撞引起数千吨渗漏事件，油轮和各种船舶漏油油污常有发生，近年来甚至有在码头边，因装卸工人操作不慎，造成剧毒集装箱危险品整箱跌落江口中。
随着10万吨级矿砂船、油轮、30万吨级废钢船进江后，其巨大压载水排放也会污染长江下游黄金水道，给沿江居民带来很大身体健康的风险，这也是不可低估的。
另外，生活污水排放，以及单壳油轮、单壳化工品船进入长江，也是不可忽视的污染源。
法律风险加深
随着长江深水航道建成，长江江苏段和上海段，超大型外籍船舶进出越来越多，涉及国际海商法相关海事、海商、海员争议越来越多，仅上海海事法院，年审理案件达1700～1800个，应引起各地政府重视。
有学者认为，除了航道、港口等基础设施的建设，法律环境建设也应该放在重要位置。建立良好法律环境正是建设上海国际航运中心的“软中之软”，这一点在《国务院关于加快长江等内河水运发展意见》中也有所体现。《意见》提出将通过加强规划指导、加大资金投入、完善法律法规、保护岸线资源等多项措施推进内河水运的顺利发展。其中特别提出了“争取早日制定修订出台《航道法》、《国内水路运输条例》，启动《港口法》修订和《航运法》立法工作。”可见作为长江水运发展的薄弱环节的法律环境建设已经刻不容迟了。
利益之争初见倪端
长江深水航道三期工程完工，最大受益者是上海，这是毫无疑问的，但是随着中游倔起，上游的开发，相继要建设以武汉为中心的长江中游航运中心，以重庆为枢纽的长江上游航运中心。仅长江下游的江苏，经过近十年的建设，在南京以下的长江沿岸万吨级泊位已有200多个，有的可停靠5～10万吨级船舶，“十二五”期间，江苏要求将12.5米水深航道延伸到南京，亦就是说5万吨级船舶全潮可进江靠泊南京，沿岸镇江、杨州、江阴、张家港、苏州港（常熟港）、太仓港、泰州港、南通港还在建5～10万吨深水泊位。而长江口北槽深水航道，一个潮水只能进17艘左右5万吨级以上船舶，会成为影响长江深水航道开发的瓶颈，亦会影响上海与江苏航运经济协调发展，更深层次会影响上海与武汉、重庆三个航运中心协调发展。加上近几年安徽省在大力发展沿江经济推动下，组建马鞍山、芜湖组合港，航运船队日趋大型化、专业化，制订了依托长江黄金水道，促进沿江地区开发开放战略规划。
随着12.5米深水航道初步建成后，如何促进流域经济协调发展，这是作为龙头的上海市政府不可回避的问题。可喜的是，国家主管部门十分重视这个问题，牵头着手协调流域各省市利益格局，并提出了：“整体规划是基本原则，统筹协调是有效机制，抢抓机遇是重要前提，结构调整是有力措施，持续安全是坚实基础。”到2015年基本建成安全、畅通、便捷、绿色的现代化长江水运体系，为“后长江深水航道时代”指明了方向。
长江深水航道也是中国航运人的梦想，论证就用了近二十年。它的可行性分析和经济论证研究在中国交通工程史上堪称是最认真的，争论也是公开的，之所以确定长江深水航道开挖兴建，是因为该工程利远大于弊。
