由于拉脱维亚政府决定暂停国际空中交通管制，以限制冠状病毒的传播，自3月17日至4月14日，所有波罗的海航空公司的航班将被暂停，包括爱沙尼亚和立陶宛的波罗的海航空分公司的运营。
由于新型冠状病毒的传播，芬兰航空公司将于3月16日取消飞往波罗的海国家以及西班牙马德里和巴塞罗那的航班。从3月16日开始，飞往立陶宛首都维尔纽斯的航班将被取消；从3月17日开始，取消飞往爱沙尼亚塔林、塔尔图和拉脱维亚首都里加的航班。
由于冠状病毒传播所造成的情况，俄罗斯航空公司将取消3月19日至4月30日之间从莫斯科飞往塔林的航班。
TallinkGrupp集团表示，从3月15日起该公司将暂停从塔林至斯德哥尔摩的游轮航线，从3月16日起该公司将暂停里加至斯特格尔摩的游轮航线，直至另行通知。目前，塔林-赫尔辛基航线仍在正常运营，Muuga-Vuosaari航线仅能货运。
芬兰船运公司VikingLine保持每日一班从塔林往返赫尔辛基的维京XPRS渡轮直到本月底，周六不开航。
