由2021年1月13日起，澳门国际机场客运大楼三楼将设有核酸检测采样点，并由澳门卫生局认可的核酸检测服务供货商，国检(澳门)卫生检测有限公司提供服务。采样检测服务仅提供给持有效机票的航空旅客、澳门国际机场相关单位员工及已于澳门卫生局登记的各口岸前线员工预约使用。检测为费用每次100澳门元，首次核酸检测免费优惠不适用于澳门国际机场核酸检测采样点。除口岸前线员工需以鼻咽拭子方式采样外，其他指定自费检测者均可选择口咽或鼻咽拭子采样。合资格人士可透过指定系统预约前往国检-澳门国际机场核酸检测中心进行检测，检测结果将推送至【澳门健康码】。
澳门国际机场专营股份有限公司执行委员会成员考虑到旅客增加及航班延误，由2020年11月中旬建议着手研究有关建立机场新型冠状病毒核酸检测站的可行性拟案，亦多次与相关部门协商；并得到公司董事会的支持，以及市场部和机场营运部的贯彻落实，与澳门卫生局认可之检测服务营运商合作，于澳门国际机场内设大中华地区全项服务检测站，方便旅客应急办理核酸检测手续，进一步提升国际机场之服务质量。随着最新的防疫要求以及发展趋势，不断适时调整现有服务措施等，并透过一系列防疫、抗疫措施的推行落实，在稳固航空卫生安全的前提下，期能逐步推进航空业的恢复工作。
此外，澳门国际机场亦于2020年11月3日(澳门时间)成功取得由国际机场协会(ACI)举办的【机场健康认证】，成为亚太地区第21个，全球第110个获认证的机场，让旅客增添信心，安心出行。早前更获国际航空运输协会通知，将向澳门国际机场与澳门航空分别颁发「便捷旅游金色认证」，成为亚洲第十二个获得此项认证的机场，充分肯定澳门国际机场在积极推进旅客便捷出行、不断提升旅客出行体验等方面所作的努力。
