南京机场货运保障部致力于“创建一流国际机场、创建一流货运”，构建一流机场空港枢纽航空货运服务平台，在空港枢纽临空经济区发展中，发挥南京机场航空货运的重要作用。
2017年，南京机场货运保障部面对激烈的市场竞争和运营保障的压力，分析华东地区各重要枢纽机场货运状况和动态，摸准市场行情，强化与顺丰、圆通、申通等著名快件企业的深入合作，不断提升机场货运经营保障能力，提高服务品质，优化服务流程，加快保障速度，抢占江苏快件市场的主动权。与此同时，进一步量化服务标准，提升保障质量，细化业务操作流程，提升货运安全保障力度，克服困难，合理调配人员、机械设备、设施的使用，进一步加大与安检保卫部的合作，为国内快件企业、邮政快件提供过检快速通道，强化宣传，加大快件货物的开箱力度，过检速度，杜绝了安全隐患。2017年1月至12月，南京机场货运保障经营国内出港快件28671吨，612万件。
