铁路参与大部制改革是非常重要和关键的一步，但这只是铁路，或者说交通运输行业改革的一个序幕。这次改革解决了铁道部多年政企不分的问题，但是铁路以后的发展道路还未明晰。
本次改革主要涉及三个方面的问题。第一是大部制改革后，交通运输部和铁道部的职能如何整合。2008年交通运输部的大部制改革只是简单把民航局放到交通运输部里，很多职能并没有整合。现在，民航、公路、铁路都划进交通运输部，下一步整合对交通运输部是一个巨大的挑战。如何平衡交通运输方式的发展，使交通运输更加合理，是亟待解决的问题。
2008年全国跨省的煤炭运输量是6.4万亿吨，煤炭运输应该用铁路，而我国用的是高速公路，这是一种用高级能源换低级能源的行为，是非常不合理的，造成了物流成本高等一系列问题。所以这次将政策和规划职能划归交通运输部，就是对整个大交通的整合。
另一个问题是铁路以后怎么重组，这是最关键的下一步。改革的目的就是企业能够焕发活力，能够更有效率。但是如果不能打破垄断、实现竞争，这个目标是没有办法实现的。政企分开只是分开，起不到提高效率、改进服务和促进发展的作用。
第三个需要解决的问题是铁路的债务问题，截至2012年三季度，铁道部负债增加至2.66万亿元。赵坚认为61%的资产负债率并不是问题，这些债务大部分是需要国家或公众来承担的，这是过去战略定位错误本身造成的后果，企业背负不起。现在的问题在于铁路前一段的投入主要是建造高速铁路，可是高速铁路现在不能创造收益，老百姓无法负担票价，收入没有现金流。而西部的高速铁路仍然在建，西部高速铁路的客流量更少，建造之后也是一种浪费，西部高速铁路的建设速度需要降下来。
铁路以前承担着公益性运输，包括农产品的运输和学生票的半价，这种公益性的运输不能由铁路总公司承担，需要政府和财政补贴。
这次大部制的改革只是一个开始，拉开了改革的序幕，显示了新一届中央领导的决心，更大的问题还在后面。
