宁波市港航管理局借助“五水共治”、“三改一拆”、“三江六岸拓展提升”等专项行动，通过“借势借力、强化服务、加强执法、总结经验”四方面举措对全市“黑码头”进行清理整治。2014年至今共完成73座“黑码头”拆除或去功能化，涉及岸线长度1972m，陆域面积76528㎡，水域面积35305㎡。目前全市尚余76座“黑码头”。
一是借势借力，联动推进整治。主动与宁波市“五水共治”办对接，将“黑码头”整治改造工作纳入甬江、姚江、奉化江的综合治理方案中；与市“三改一拆”办对接，将宁波市涉水违法使用港口岸线建筑物处置工作作为《宁波市开展违法建筑处置四大攻坚行动实施方案》的专项行动；按规划目标制定了《三江六岸码头专项治理行动实施方案》，经向分管副市长专题汇报后由有关县（市）区分头实施推进。
二是强化服务，规范纳规行为。针对部分“黑码头”选址符合港口规划，且当地经济发展需要其保留并合法化，一方面辖区港航部门按照“一码头一策一方案”原则，出台有效可行的规范方案，上门指导企业对项目进行整改提升，并逐步取得发改等相关部门同意意见，补办相关手续后，申领港口经营许可证，完成项目纳规。另一方面，加强与上级部门沟通，配合《宁波-舟山港总体规划》、《三江六岸岸线利用规划》等规划进行修编，为项目纳规争取条件。2014年至今，已完成2个项目改建后纳规。
三是加强执法，严防新增“黑、违”。严格按照“减少存量，杜绝增量”要求，指导督促各地港航管理机构加强岸线巡查力度，及时将新发现的违法行为消除在萌芽阶段，将“黑码头”整治工作与“打非治违”、隐患排查治理等工作有机结合。加强多部门联合执法，建立健全多部门间的相互通报、联合打击、齐抓共管等工作机制，联手防止违法行为的反弹。2013年起，全市共查处“未批先建”、“无证经营”等违法案件18起，罚没金额共73.7万元，全市无新增“黑码头”。
四是总结经验，推广典型做法。整治工作中，部分县（市）区做法较好，成绩突出。如象山县在政府层面高度重视，统一部署、共同推进，拆除过程中安排3名联村干部和业务干部进村采用集体约谈等方式广泛宣传，形成了上下联动的局面。北仑借助护航“G20”东风开展多部门联合拆除行动。对此，宁波市港口局积极总结经验，联合市“三改一拆”办发文予以通报表彰，下发各地学习。
