“十一五”期是珠江水运建设投入最多、发展最快的五年，全水系水运基础设施建设完成投资约100亿元，以“一横一网三线” 国家高等级航道为重点的建设取得了历史性的重大进展。2009年完成货运量3.7亿吨，同比增长2.7%；完成货运周转量566亿吨公里，同比增长1.5%；完成客运量和旅客周转量分别为1495万人次和8.46亿人次公里，同比分别增长4%和2%。主要港口货物吞吐量2.7亿吨，同比增长3.6%。其中，外贸货物吞吐量6000万吨；集装箱吞吐量712万TEU。
到“十一五”末，国家规划的珠江三角洲高等级航道网基本建成，西江航运干线扩能工程全面启动并加快发展，西南水运出海通道的南线、中线和北线通道建设步伐加快，梧州港、贵港港、云浮新港等一批现代化港口改造升级或建成投产，珠江水系航运基础设施的规模、 能力上了新的台阶。
依照国务院发布的 《关于加快长江等内河水运发展的意见》（《意见》）的要求，“十二五”珠江水运建设将继续发力，目标锁定“通上游、畅中游、优下游、连支流”。
通上游：积极推进龙滩、百色过船设施建设，打通右江和红水河，实现云南、贵州的通江达海梦想。畅中游：积极支持广西亿吨黄金水道建设，加快长洲水利 枢纽三四线船闸建设和西江航运干线下游航道的整治。优下游：加快珠三角高等级航道网的现代化建设，把实现珠三角高等级航道网的现代化问题，作为一个新的目标，为全国内河实现现代化创造经验。连支流：水运网覆盖更广泛更合理，重点加强贺江、绣江、北江、东江和韩江等主要支流航道建设，推进支流航运开发，改善支流地区的投资环境，优化流域经济布局和产业结构。
依此目标，“十二五”期间，珠江航务管理局将以“优化珠三角，提升西北东”（即努力推动珠江航运实现现代化，提升西江、北江和东江的通航能力）为工作重点，努力建设“畅通、高效、安全、绿色”的珠江水运体系。
此外，沿江省区在加紧制定的“十二五”规划及更远的规划中也都把珠江水运放在重要位置。广西近期目标是，到2012年，新增内河港口吞吐能力超过7700万吨，总吞吐量达到1亿吨以上，基本建成一批枢纽船闸和主要航道。远期目标是到2020年，把连接南宁、贵港、梧州、百色、来宾、柳州、崇左7市共1480公里的内河水运主通道全部建成为1000吨级以上航道，其中南宁、来宾、柳州以下建成2000吨级航道，贵港到梧州建成3000吨级航道；连接河池的红水河航道将建成500吨级高等级航道，形成西江水运干线和右江、红水河、柳黔江水运通道为主骨架，干支通畅、江海直达、设施完善的内河航道网；形成以贵港、梧州、南宁主要港口为核心，百色、来宾、柳州、崇左等地区性港口为重要补充的内河港口体系。为实现黄金水道建设目标，广西将投入820亿元重点建设五大工程：枢纽及船闸工程、航道工程、港口和物流工程、运力优化工程和支持保障系统工程等。
据云南省航务局消息，由广西、广东、云南、贵州4省区发改委共同委托交通运输部规划研究院编制的《西江航运干线航道建设规划（2011～2015年）》（《西江航运规划》）已通过国家发改委组织的专家组评估。4省区将在“十二五”期间共建西江航运黄金水道，而连通云南右江的正是西江、珠江的主干道；建设百色水利枢纽2×500吨级兼顾1000吨级升船机，实施云南富宁港至广西百色段三级航道整治工程，这标志着多年来梗塞云南省重要出省水运通道的瓶颈将被打破，云南连接两广、对接港澳的右江—珠江航道有望在“十二五”期间全线贯通。
同时，贵州省海事、航务部门也从认真贯彻落实《意见》出发，计划在“十二五”期间投资22亿元，加快水运基础设施建设。“十二五”期，将全面完成国家规划的西南水运出海中线通道（贵州段）航运扩建工程和乌江航运建设工程，新增四级航道431公里、港区码头8个、泊位15 个、水上搜救中心10个，全省四级航道达到791公里。加快推动乌江构皮滩和龙滩过船设施建设，打通南北水运大通道，实现贵州省委、省政府“南下珠江、北进长江”的战略部署。完成三板溪库区航运建设工程；开工建设光照库区、乌江渡库区和白市库区航运建设工程；继续实施农村渡口建设工程，计划改造渡口1800 个，争取“渡改人行桥”217座；完成安全支持保障系统项目建设，重点加强相应水域监管救助基地和站点的基础设施、大型装备建设以及船岸通信系统和电子巡航系统建设，提升监管救助能力；力争开工建设都柳江大融、从江两个航电枢纽工程建设，滚动开发都柳江航电枢纽工程，实现水资源的综合利用。
