珠江是我国第三长河流，全长2400公里，干流流经云南、贵州、广西、广东四省区及香港、澳门特别行政区。运能大、成本低、能耗小、占地少的珠江水运在区域合作、产业转移、综合运输中的地位越来越重要。在《全国内河航道与港口布局规划》中，国家重点建设的“两横一纵两网十八线”和28个主要港口，珠江就占“一横”“一网”“三线”和5个主要港口。珠江水系年货运量仅次于长江，可以说，它是推进珠江流域经济发展不可替代的运输方式。珠江水系2010年上半年完成货运量1.8亿吨，同比增长15.5%，主要港口吞吐量1.43亿吨，同比增长18%，集装箱吞吐量412万TEU，同比增长21%。
“十一五”期间是珠江水运发展最快的5年。累计完成水运建设投资约100亿元，航运基础设施得到较大改善；水路运输的规模质量和效益明显提升，水系内河货运量达到4.3亿吨，年均增长12%。
“珠江水路货运量，是京广铁路货运量的5倍，通过提升和优化，将来可超过10条京广铁路的货运能力。”珠江航务管理局党组书记、局长梁建伟介绍，广州港、深圳港约一半的货物吞吐量，都是通过珠江内河集疏运。
数据显示，珠江的水运量约占流域综合运输总货运量的12%，珠三角进口粮食的66%、进口油气的50%、调进煤炭的33%均通过内河运输，同时，云南的磷、贵州的煤、广西的铝等可顺江直下到达广东地区。珠江流域上游的滇黔两省拥有丰富矿产资源，是我国南方重要的能源基地；而下游的广东是能源需求大省，上下游之间的经济互补性特别强。根据测算，珠江水运成本低廉。从贵州出发到珠三角地区，公路运费是每公里每吨0.6元，铁路是每公里每吨0.4元，而水运却只需要每公里每吨0.1元。
正是因为珠江内河航运的重要性，沿江城市对此都非常重视，比如广东重点加快建设西江航运干线、珠三角高等级航道网;广西打造西江亿吨黄金(1456.10,3.60,0.25%)水道，构筑区域经济走廊;云南加紧建设右江富宁港，争取尽快由珠江通江达海;贵州实施“南下珠江”，加速建设红水河等高级航道，与珠三角对接。
在交通运输部的大力支持下，珠江流域各省区加大航道等基础设施建设力度，建设规模和建设速度明显加快。目前，珠江三角洲“三纵三横三线”高等级航道网基本建成，3000吨级海轮可上溯直达广东肇庆。西江干线广州到南宁851公里的1000吨级航道已建成，广州到贵港2000吨级航道即将建成。西江下游广东肇庆至虎跳门航道整治工程、莲沙容水道航道整治工程等项目通过了竣工验收。广西西江黄金水道建设全面启动，贵港至梧州Ⅱ级航道建设顺利完成，桂平二线船闸工程、柳江航道整治工程等多个项目加快推进，长洲水利枢纽三线四线船闸工程开工建设；西南水运出海中线通道南盘江、北盘江、红水河航运建设工程有序推进。
但是，珠江航运的发展依然面临很大的困难。有专家认为，同一江水，承担着发电、灌溉、防洪等多种功能，水运的需求往往得不到应有的重视。
