9月25日，北京市十四届人大常委会十三次会议对《北京市控烟条例（草案）》进行了第二次审议。二审稿沿袭了一审稿中“公共场所、工作场所的室内区域以及公共交通工具内禁止吸烟”的规定，但同时新增例外情形，即宾馆、旅店等提供住宿的场所，具备独立排风系统的客房允许吸烟；并且，机场隔离候机区也可设置具有独立排风系统的吸烟室。
对于这两处例外，北京市人大法制委副主任委员李小娟解释称，北京控烟应遵循“严格控制、循序渐进”的工作思路，在保证他人健康权益不受侵害的前提下，对宾馆客房、机场等特殊场所，具备独立排风条件时，允许设立吸烟区，更符合本市尚有大量吸烟人口的实际。
不过，中国预防科学院原副院长、新探健康发展研究中心副主任吴宜群对此并不认同。她告诉财新记者，设置例外条款是一种“退步”，宾馆、旅店有大量服务员会接触到二手烟，他们的权益将得不到保护，在公共场所留有这些余地，并不能完全杜绝二手烟、三手烟的危害。她认为北京作为首善之区，对全国的立法有示范效应，应真正做到公共场所全面禁烟。
关于控烟的拉锯战一直在进行。比如，一审后修改稿将之前的全部“室内区域”，缩小为“共用工作场所”的室内区域。这一修改意味着，拥有专属单间办公室的人群，可以在其单间内里吸烟，因此被解读为给领导提供“特殊优待”。
对此，北京市人大教科文卫委员会主任委员孙世超在审议意见报告中称，规定在室内公共场所、工作场所和公共交通工具内实行全面禁止吸烟“过于笼统，约束边界不够清晰。”因此，他建议在不给他人造成烟草烟雾侵害的前提下，对室内工作场所分类管理。
这一修改引发控烟人士反对。此次二审又删除了“专属单间可以吸烟”的例外情形。吴宜群认为，这是《控烟条例》二审稿的进步之处。
在对室内部分区域“网开一面”的同时，二审稿基于保护妇女儿童的目的，对室外禁烟区域做出更严格的规定，以未成年人为主要活动人群的场所、妇幼保健机构、儿童医院、儿童福利机构均被列入室外禁烟范围，并规定不得划定吸烟区。
同时，二审稿新增规定称，“学校应当采取措施预防学生吸烟，对学生开展烟草危害宣传教育，帮助吸烟学生戒烟。并且，教师不得在中小学生面前吸烟。”
对此，北京市人大法制委副主任委员李小娟称，预防未成年人吸烟是本次控烟立法的重点，希望能够督促学校和教师负起责任，引导未成年人远离烟草，最大限度地减少新烟民的产生。
并且，条例草案二审稿还规定，个人不得在排队等候队伍中吸烟，否则将被处以50元罚款，拒不改正的最高可处200元罚款。吴宜群认为，上述对室外区域的控烟是很大的亮点，应予以鼓励。
除了室外禁烟，条例草案适应互联网传播特点的修改亦被吴宜群认可。比如，草案修改稿中特别增加了禁止“通过自动售货或者移动通信、互联网等信息网络非法销售烟草”的规定。
同时，对于烟草广告，据《北京日报》报道，有市人大常委会成员提出，应当全面禁止在公共场所发布或变相发布各类烟草广告，尤其是利用网络等新兴媒体，全面禁止各种形式的促销、赞助活动。
为此，二审稿规定，禁止“利用广播、电影、电视、报纸、期刊、图书、音像制品、电子出版物、移动通信、互联网等大众传播媒介发布或者变相发布烟草广告；在公共场所和公共交通工具设置烟草广告；设置户外烟草广告；各种形式的烟草促销、赞助活动。”
提倡全面控烟的《WHO烟草控制框架公约》于2005年在中国正式生效，但落实效果不佳，尤其是烟草广告和促销仍然泛滥。不过，《北京市控烟条例（草案）》此番修改亮点颇多。中国控烟协会公开表示，其中规定的禁烟范围已基本接近《WHO烟草控制框架公约》的要求。
