吉祥航空将于2016年10月30日至2017年3月25日实施新的冬春季航班计划。换季后，吉祥航空通航点数量达到69个，其中国内通航点55个，国际和地区通航点14个，日均航班量接近280班。以上海为主营基地，南京基地为辅，形成覆盖中国大陆及港澳台地区、韩日以及东南亚的航线网络。
我国民航系统每年都要进行两次航班计划调整，其中10月的最后一个星期日开始到第二年3月的最后一个星期六执行冬春季航班计划。航班换季主要涵盖增加新航线、增加新航班、调整航班时刻、调整航班线路，取消航线、航班等项工作。航班换季一方面是考虑到旅游业的淡旺季、人们出行的周期性。根据航季的不同，各航空公司将参照执行的航班收益情况，在新航季里对现有航班进行调整。另一方面，根据我国的实际情况，春夏和秋冬之间全国天气、气压都有很大的差异，导致飞行标准会有很大的不同。所以，航空公司对航班进行调整，一方面是为了安全，一方面是为了方便旅客。
围绕冬春航季特点，吉祥航空对航线结构、航班密度和航班时刻进行了相应的调整和优化。国内方面，为了更好地满足公商务旅客的出行需求，增加虹桥深圳航线至每天4班。同时，新增浦东海口下午航班，并增加浦东哈尔滨航线至每天5班。另外，南京主要国内航线的时刻进行了优化调整，南京-厦门由晚班调整为中午班，南京-西安晚班时刻前提；恢复青岛-无锡-三亚航线和哈尔滨-南京-三亚航线。国际方面，新增浦东至普吉下午航班至每周4班。最后，增加南京至大阪、南京至冲绳的航班。同时恢复浦东至福冈航线。
