随着我国药材野生资源的凋零萎缩，药材供应必然由过去的野生采挖向人工种植过渡。中药材基地建设作为一种重要的供货渠道，将从根本上解决我国当前药材市场供货缺陷、质量不稳定以及中药材生产缺乏计划等一系列问题，为中药产业的发展提供强劲的源头。
按照GAP要求生产原料药材，使中药材基地真正成为中药生产企业的“第一车间”，也是涉及中药企业生存发展的头等大事。然而，GAP认证工作自推开之日起也遭到了学界的反对。早在2004年6月初，就曾出现过“9家种植户联名上书”国务院，“炮轰”GAP认证推行中存在种种弊端的情况，在之后的近十年时间里，各种反对声音也不绝于耳，导致GAP认证工作一度“名存实亡”。
部分中药材种植户认为，其一，套用GMP的认证方法来对中药材基地进行GAP认证是难以行得通的。中药材栽培的土壤及气候条件是一个可变又复杂的生态系统，目前制定的GAP认证条文无法控制不断变化的气候条件光照、水气、积温、CO2、寒流、干旱、沙尘暴等和土壤条件氮磷钾含量、有机质、微生物、地表径流、水土流失、人工施肥干扰等。而且《中药材生产管理质量规范》是参照欧盟的芳香及药用植物生产规范起草的，是一个行业规范条款，是否符合我国2000年中药栽培的国情，还需要相当长时间的检验，因此，GAP认证的推广绝不可轻率。
其二，中国中药材资源63％分布在西部12个省、市、自治区，80％以上的种植面积是由药材种植专业户来投资的，这部分种植户的面积基本上在100亩以下，绝大部分是几亩、十几亩，这些种植户构成我国药材种植业的基石。在我国现阶段，刻意去投资扶持药材大面积种植户是不现实的。其实，中药材栽培讲究规模的适度性，讲究小面积精耕细作，这是我国农民几千年的农产品生产经验，生产出的药材产量高、品质好，国家应大力扶持这些专业药材种植户。况且土地归农民个人承包，种植什么完全由农民自己决定。100—1000亩以上的种植户在全国来讲都屈指可数，1000—10000亩的种植户就更少了。一些种植大户因种植面积过大，管理不当，造成草荒和虫害，产量和品质下降，根本不如小面积专业户精耕细作的好。强力推进GAP认证，会将80％以上的种植面积及种植户被排除在GAP认证之外。
其三，中药出口问题关键是中国传统文化与西方的文化不相融。目前，我国中药出口量还占不到我国中药总产值的2％，98％是由中国人及海外华人消费的。要扩大中药出口量主要是政府和企业要走向国外，推广中药传统文化。
其四，我国约200余种中药材已经过几百年的栽培实践，技术相当规范，产品质量早已有成熟的国家标准和行业标准，不需要再设立什么“GAP”标准。鉴于中药材生产的特殊性、学术争议和成本较高等诸多原因，GAP也并未获得像GMP那样的强制认证。因此，从2004年3月16日第一批通过GAP认证算起，到目前为止，已经通过GAP认证的企业也仅有113家，涉及中药品种不到100个。
