据报道，巴拿马政府内阁已通过巴拿马运河管理局（Panama Canal Authority）的申请，对集装箱船的运河通行费实行数量折扣。
按照新的收费方法，巴拿马运河将根据班轮公司或班轮联盟在12个月内的集装箱运量进行计算，如果集装箱运量超过150万TEU，运河通行费折扣幅度为3美元/TEU，如果集装箱运量为100万至150万TEU，运河通行费折扣幅度为2美元/TEU，如果集装箱运量为45万TEU至100万TEU，运河通行费折扣幅度为1美元/TEU。
新的收费方法将在2016年4月1日正式实施。
随着巴拿马运河新船闸将在2016年正式完工，预计可通航的最大集装箱船船型大小可达到现在4500-5000TEU船的三倍。
巴拿马运河还修改了其它船型的收费标准。其中，对干散货船，将依据货物的载重吨和公吨来计费，对LNG船和LPG船，将依据立方米来计算，对油轮，将依据货物公吨来计费。另外，运河管理局增加了新的管理类别“Intra Maritime Cluster”，船型包括邮船、加油船、集装箱中转船，这些船不与国际航线船舶竞争，新的收费标准对该类别船舶即日生效。
