为切实转变政府职能，进一步强化事中事后监管，交通运输部建立了港航和海事部门联合监管、港口企业协同管理、企业举报、违规情况通报和船舶自动识别系统监控等一系列制度，初步建立了两岸海运市场监管体系。
为避免两岸运输国际化，针对少数外国企业和船舶非法从事两岸海运的行为，交通运输部进一步加大了监管力度，实施了最严格的监管，发现一起，查处一起，通报一起。自2013年以来，交通运输部组织有关港航和海事部门，先后查处和制止了多起违规经营两岸海运的行为。交通运输部给予非法使用外国籍船舶从事两岸海运的永顺船舶股份有限公司和香港国兴海运有限公司没收违法所得的行政处罚，罚没总额逾130万元，对存在过失行为的营口港股份有限公司等港口经营人和船舶代理公司给予告诫。韩国大宇物流公司（DAEWOO LOGISTICS CORP.）等8家公司涉嫌违规行为正在进一步调查处理中。
严格监管确保了禁止外国公司和外国船舶经第三地从事两岸运输的政策有效实施，每年为两岸直航企业增加营业收入近10亿元。下一步，交通运输部将依托两岸航运管理信息系统和集装箱运价备案系统，完善两岸海上运输市场监管信息平台，实现对两岸海运市场的全面监管，继续保持对违规行为的高压态势，对非法从事两岸运输行为“零容忍”。
