为进一步解决货物和劳务税制中的重复征税问题，完善税收制度，上海开展了营业税改征增值税(即“营改增”)改革试点。但是上海航运研究中心的报告指出，“营改增”对航运企业的减税效果并不明显，约半数的航运企业税负反而增加，主要原因是企业可抵扣的项目偏少。
首先，生产设备是航运企业最主要的成本，但企业2012年1月1日之前购置的固定资产投资不可抵扣；其次，航运企业劳动资料成本占总成本的20%左右，而支付给自有职工的薪酬无法抵扣；再次，资金成本、路桥费、房屋租金、保险费等都不能进行抵扣。
对航运企业而言，“营改增”后大部分成本构成中的主要事项都不能进行抵扣，而税率大幅提升，因此税负出现增加。据中国航运景气调查显示，船舶运输企业中，税负增加的企业占43.62%，税负明显减少的仅占12.77%；港口企业中的这两个比例分别是61.3%和9.68%；航运服务企业则分别是43.08%和7.69%。
