2006年，国资委发布《关于推进国有资本调整和国有企业重组的指导意见》。为了避免沦为其他央企的子公司，2008年中国外运对外宣布，拟与中国长航集团进行重组。在2008年底国资委批准两家央企重组以后的四年多时间里，重组后成立的中国外运长航集团并没有取得预期中的效果。在这四年里发生了诸多值得关注的事件。
2008年7月9日 中国外运发布公告称，公司9日接中国对外贸易运输(集团)总公司(简称中国外运集团)通知，根据国务院国资委《关于推进国有资本调整和国有企业重组的指导意见》精神，公司发起人中国外运集团拟与中国长江航运(集团)总公司进行合并重组。目前双方已就合并重组事宜达成一致，并拟向国务院国资委报送合并重组申请，尚需国家相关部门审核批准。
2008年12月19日 国资委下发了《关于中国对外贸易运输(集团)总公司与中国长江航运(集团)总公司重组的通知》，批准中国外运与中国长航实施重组。中国对外贸易运输（集团）总公司更名为中国外运长航集团有限公司，并作为重组后的母公司。
2009年1月5日 国资委宣布了新集团公司领导班子的任命。原中外运集团董事长苗耕书将任新集团董事长，总经理赵沪湘将任新集团副董事长、总裁兼副党委书记，原长航集团总经理刘锡汉任新集团副董事长兼党委书记。中国外运长航集团正式组建。
2009年2月 中国外运长航集团成立了重组领导小组和重组工作小组，9月18日，中国外运长航集团正式向国资委上报了《关于<中国外运长航集团有限公司重组方案>的请示》。经报国务院批准，12月19日，国资委下发通知，重组实施方案由重组双方共同研究制订，并报国资委审批。
2010年1月13日 中国外运长航集团召开重组方案宣讲大会，在会议上宣读了国务院国资委关于同意外运长航集团重组方案的批复文件，对重组方案作了讲解，对企业的愿景目标、主业构成、业务整合、资源共享等方面提出了明确的要求和实施路径。通过专业化、集约化、一体化的经营思路，以期实现企业整体利益最大化，使中外运长航集团实现进入世界500强和成为“国内领先、世界一流的物流与航运服务提供商”的目标。
2010年7月14日 中国外运长航集团实施业务整合的首个项目即滚装船运输业务整合实施方案会议在深圳长航召开，要求10月前完成整合主体阶段工作，并为集团其他业务整合提供经验。
2010年7月29日 中国外运长航集团在北京召开了2010年上半年业绩分析视频会议。在会议上，赵沪湘要求下半年要加快推进深度重组整合。年内要完成滚装业务整合方案的实施；积极推进油运业务整合，依照合法程序，年内解决中外运航运和长航油运的同业竞争问题，为长航油运定向增发创造条件。
2010年9月17日 中外运宣布，向控股股东中国外运长航集团收购中外运长江(目标公司)49%权益，现金代价1697万元人民币。完成后，中外运于目标公司权益由51%增至100%。中外运指，未来将以目标公司为主体，对长江沿线公司进行整合，本次收购是落实目标公司重组计划的重要步骤，有利于提高公司的持续发展能力，符合公司的发展战略。
2011年1月11日 中国外运长航集团干部大会在北京召开。在会议上，国务院国资委企业领导人员管理二局副局长孟凡良宣读了《关于赵沪湘等7人职务任免的通知》和《关于赵沪湘、刘锡汉同志职务任免的通知》，任命赵沪湘为中国外运长航集团董事长、党委书记；任命刘锡汉为中国外运长航集团党委副书记；免去刘锡汉同志中国外运长航集团党委书记职务，继续保留副董事长职务。赵沪湘董事长宣读了《中国外运长航集团有限公司第一届董事会第二十四次会议决议》，聘任刘锡汉同志为中国外运长航集团有限公司总经理（法定代表人）；赵沪湘同志不再担任中国外运长航集团有限公司总经理（法定代表人）职务。
2011年11月1日 深圳证券交易所发布公告称，因长航凤凰股份有限公司预计有重大事项发生，根据《深圳证券交易所股票上市规则》的有关规定，经公司申请，该公司股票长航凤凰自2011年11月1日开市起停牌，待公司刊登相关公告后复牌。
2011年11月24日 停牌近一个月的长航凤凰发布公告解释了停牌的原因，公告称，前期，针对公司目前面临的一些困难，本公司提议控股股东中国长江航运（集团）总公司、实际控制人中国外运长航集团有限公司一起研究有关问题及解决办法，预计将会发生重大事项，为避免对公司股价造成重大影响，经公司申请，公司股票已于2011年11月1日开市起停牌。
长航凤凰还表示，筹划中的重大事项为重大资产重组事项，有关事项尚存在不确定性。公司承诺争取在2011年12月1日前按照相关规定的要求披露重大资产重组信息，若公司未能在上述期限内召开董事会审议并披露相关事项，公司将根据重组推进情况，决定是否向交易所申请延期复牌。
2011年12月28日 长航凤凰发布公告表示，公司股票将于12月29日复牌。公告称，由于重组方案中涉及的境内外企业较多，相关利益比较复杂，尽管本公司与中国外运长航集团、中国长江航运（集团）总公司及相关企业各方，在公司股票停牌期间进行了积极的沟通与协调，但没有达成共识。复牌当日，长航凤凰股票跌停。
2012年1月 中外运集团宣布启动物流业务的整合工作，希望以中国外运为平台，将原存续在上市公司之外的外运集团中从事综合物流业务的公司，注入上市公司或由上市公司托管。不过，物流业务的整合方案，也仅限于外运集团内部的物流资产，长航集团方面的码头仓储等相关物流资产不在整合的范畴之内。
2013年4月25日 在4月24日停牌一天进行风险警示后，长航凤凰25日开牌即跌停。因为2011年和2012年连续亏损，复牌当日，长航凤凰被更名为“＊ST凤凰”。此后股价连续跌停，若该公司不能在2013年扭亏为赢，则将被暂停上市。
2013年5月8日 中国长江航运集团南京油运股份有限公司发布公告称，公司股票交易被实行退市风险警示后，最近一个会计年度（即2012年度）审计结果表明公司继续亏损。根据《上海证券交易所股票上市规则》的规定，上海证券交易所决定自2013年5月14日起暂停公司股票上市。
2013年6月17日 国资委赴中外运长航集团宣布了一项人事任命，现任中外运集团总经理、副董事长的刘锡汉将被调离中外运长航集团，赴另一家央企任职。国资委并没有详述刘锡汉被调任的理由，但这一人事任命，被业内认为是解决中外运长航集团内部矛盾与纷争的关键措施。
