金税工程增值税征管信息系统（金税二期）开通运行以后，利用增值税专用发票进行偷骗税的行为得到了有效遏制，一些不法分子转向利用增值税其他抵扣凭证---货运发票、海关代征进口增值税专用缴款书、废旧物资发票、农产品收购凭证等进行违法犯罪活动。国家税务总局要求各级税务机关加强“增值税其他抵扣凭证”的管理，并把除增值税专用发票以外的抵扣凭证全部纳入计算机网络管理，有效遏制犯罪分子的不法行为。
记者从国家税务总局了解到，全国统一的货运发票税控系统目前正在紧锣密鼓地推行。从2007年1月1日起，全国范围内的货运发票将全部使用这一系统开具。此后开具的不带税控码的货运发票将不能抵扣，而纳入了税控系统的货物运输发票管理也将实现质的飞跃。
国家税务总局流转税司相关负责人在阐述这一事件的意义时向记者表示，货运发票纳入税控系统管理后，存根联数据通过税控盘采集，抵扣联数据通过扫描认证方式即可采集，货运发票的管理可以说真正实现了“以票控税，网络比对，税源监控，综合管理”的管理模式，其稽核比对质量将大幅提高，营业税和增值税的管理由此也将进一步得到加强。
虚开货运发票案引发管理变革
2003年，国家审计署驻郑州特派员办事处在对许昌货运企业检查时发现，企业大量违规代开、虚开货运发票，用于抵扣增值税、虚列成本费用，大肆偷逃国家税款。这一案件引起了国家领导人的高度重视，温家宝总理亲自批示要严查彻处。
许昌案的发生并不是孤立的。在案件查处的过程中，税务部门发现，由于长期由交通、地税、国税等多个部门分头管理，衔接、沟通不畅，管理脱节，货运发票作为增值税专用发票以外具有抵扣功能的扣税凭证，已成为一些不法分子虚开代开、偷逃税款的主要手段，利用虚开、假开运输发票偷逃营业税、骗抵增值税的案件在全国大有蔓延之势。形势严峻，货物运输业税收管理的变革变得异常紧迫。
2003年10月，针对货物运输业税收和发票管理的混乱状况，国家税务总局制定下发了《货物运输业营业税征收管理试行办法》、《运输发票增值税抵扣管理试行办法》、《货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法》和《货物运输业发票管理流程实施方案》。随后，国家税务总局又连续下发了《关于货物运输业税收征收管理问题的通知》等一系列通知，密度之大，前所罕见。
按照新办法的要求，货运发票管理权收归税务部门。地方税务局负责发票的印制、领购、开具、取得、保管、缴销和对提供货物运输劳务的单位和个人的资格认定，未经地税部门认定，纳税人开具的货运发票一律不得抵扣。纳税人取得的所有需抵扣增值税进项税额的运输发票，均要填写《增值税运输发票抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时报送国税部门。与此同时，地税部门、国税部门汇总和采集的货物运输发票开具信息、货物运输发票抵扣信息，逐级上传国家税务总局，国家税务总局每月进行全国发票信息的比对，比对结果异常的发票信息转交审核检查。新的货运发票管理办法全国统一，环环相扣，从制度上建立起了对不法经营者利用货运发票偷逃增值税的防线，货运发票管理自此告别混乱，走向规范。
货运发票稽核比对相符率大大提高
近两年来，针对货运发票管理中出现的一些问题，国家税务总局不断推出了一些完善货运发票管理的举措：
——针对部分地区未按规定对比对异常货物运输业发票进行审核检查的情况，研究制定了《国家税务总局关于进一步加强货物运输业发票审核检查工作的通知》，对比对异常的货物运输发票，要做到每票必查、查深查透。
——针对货运发票比对以主管税务机关代码加发票号码为关键字，造成重号发票较多的问题，国家税务总局对货运发票采集比对软件进行升级，将比对关键字改为发票代码加发票号码，促进了增值税抵扣管理有效性的提高。
据国家税务总局流转税司有关负责人介绍，货运发票进行稽核比对以来，其比对相符率稳步提高，已经从2004年3月的31.71%提高到2006年10月的64.62%。相符率的提高充分说明了加强管理的实际效果。货运发票审核检查的开展也查补了大量税款。2006年1月~9月，全国累计完成审核检查异常货运发票253.28万份，查补税款4.03亿元，滞纳金1046.45万元，罚款1259.8万元，移交稽查立案查处发票3.3万份。
税控系统推广正在进行
国家税务总局流转税司有关负责人表示，要想彻底提高稽核比对质量，就要实现电子采集取代手工采集，将货运发票全面纳入税控系统的管理，在排除了技术性错误之后，发现的比对异常的发票才是犯罪疑点，才是税务机关重点检查的对象。
经过充分的准备，今年下半年，货运发票税控系统推广工作开始启动。据介绍，在河南、湖南和青岛两省一市进行试点之后，这一系统的推广已于11月1日在全国展开。国家税务总局要求，自2007年1月1日起，在全国范围内公路、内河货运业要全部启用税控系统，之后开具的不带税控码的货运发票将停止使用，不再作为增值税的抵扣凭证。
据了解，货运发票税控系统通过专用的税控盘、传输盘、微机、后台发票开具软件构成了一套完整的系统，可对货物运输行业的发票开具、税控数据申报等业务进行有效的监控，对开票数据可以随时进行查询、统计。
国家税务总局流转税司有关负责人向记者表示，通过货运发票税控系统，可以加强相关税种审核计税工作，既确保地税部门按发票足额计征营业税，又保证传输到国税部门发票信息的真实性。利用发票计税营业额信息，可以进一步强化企业所得税税基管理。同时，也为今后做好营业税计税营业额的差额管理奠定基础。
