太仓保税物流中心主要开展国际采购、国际配送、国货复进口（一日游）、转口贸易、简单加工和增值服务等业务。太仓保税物流中心致力为客户提供提供全面的供应链物流服务和产品分拨、物流配送、仓储中转、分拣包装和多式联运系列化服务。
（一）国际采购
国内采购的货物以视同出口方式先行报关至太仓保税物流中心享受提前退税或提前收汇，在中心内完成集货、保管、分拣、拼装。再按照国外采购商的要求直接通过太仓港便捷的口岸优势海运离境或通过上海浦东机场空运离境，送达国外采购商的配送中心或门店。
（二）国际配送
国外批量采购的进口货物通过海运或空运的方式备案进境，免税进入太仓保税物流中心，在中心内进行现场展示、储存交易。再根据国内市场销售情况分批进口报关（一般贸易货物需缴税, 加工贸易货物可采取分批送货月底集中报关）， 分拨到国内企业仓库。
（三）加工贸易结转
国内加工贸易企业将货物报关出口到太仓保税物流中心完成进料（来料）手册核销，下游生产企业以对应的手册方式报关进口，这样对于上游加工贸易企业，其结转料件的国内增值采购部分即可享受退税。
（四）境内企业货物结转
境内中心外企业A可报关出口至太仓保税物流中心完成退税，中心外企业B既可用手册方式免税进口，同时也可用一般贸易方式征税进口，达到国产料件或国产设备视同进口的目的。
（五）转口贸易
境外公司A将货物报关入境至太仓保税物流中心，出售给中心内企业B，中心内企业B再根据需要报关离境转卖给境外公司C。这样中心内企业既可屏蔽上下游供需双方的商业信息，突破贸易壁垒，亦可进一步增强我国国际商贸企业的市场地位和作用。
（六）简单加工
国内货物可报关出口至保税物流中心，国外货物可报关进口至物流中心，在中心内进行分拣、分装、组合包装、打膜、加刷唛码、刷贴标志、改换包装等不改变货品物化性质和不超过海关规定增值率的简单加工和增值服务，然后根据需要实际出口离境或实际进口入境。
