账面库存数量出现负数虽不是一件令人满意的事情，但在实际运作中，由于数据录入的不及时和差错等种种原因又确实会出现负库存现象。
对待负库存有两种不同的看法。一种是严格不允许出现负库存。当所执行的作业将使账面数出现负库存时，不允许这个作业的执行。在配货、批发等作业中，这种要求十分合理，因为这些作业是根据计算机账面库存而不是实物库存进行的。
如果在这些作业中允许存在负库存，那么就会发生批准了的配货单等无法执行的情形。但是在零售等作业中，不允许出现负库存就不尽合理了，因为零售是根据实际库存而不是计算机账面库存来进行的。既然有实物库存，就必须允许它销售。所以，另一种看法是允许一定条件下负库存的存在，并及时检查出现负库存的原因，比如货品串码，使得该入账的货品没有入账，不该入账的货品反而入账；又如没有及时输入入库单据而销售等。
负库存的出现在一定程度上揭示了营销活动中的不规范和差错，如果能由此对这一状态有效要求和监控，则将有益于提高管理水平。但是，负库存的出现也带来了诸多问题。最突出的是库存成本计算和出库成本计算的问题，因为此时无法确定这些成本。一般做法是在出现负库存时，使用一个合理的暂估成本来计算，待能够确认真实成本时，对库存成本和出库成本进行调整。这个调整的计算量比较大，完全人工化的调整十分烦琐，由计算机系统自动做出调整建议则是一种较好的解决方法。当使用真实成本冲抵暂估成本时，系统应能够区分零售、领用、损耗、配货等各类出库作业的成本调整额。负库存的控制应区分不同对象和不同作业。对存货仓库，应当控制负库存；对价格高的商品，不论存放地点是仓库还是卖场，都应当控制负库存；对根据计算机账面库存数进行的配货和批发等作业，需要控制负库存。
