一、进出口许可管理制度
进出口许可管理制度是根据国家对外贸易方针政策，对进出口货物由经贸主管部门签发许可证等方式来实施管理的一项制度。它是海关监管和验放进出口货物的重要依据之一，这在《海关法》里有明文规定。进出口许可证是保护和稳定国内经济免受国际 市场冲击的一项有效措施。但随着我国申请加入世界贸易组织，进出口许可证作为一项非关税措施，如何控制并减少其管理范围，已成为我国外贸制度与国际惯例接轨和顺利进入世界贸易组织的敏感问题。
二、商检制度
商品检验制度是指商品检验机构对进出口商品的质量、规格、重量、数量、包装、残损等依法进行检验，出具检验证书。此外，商检机构还负责对出口食品的卫生检疫和向非协议国家出口动物产品的病虫害检疫，对进口货物的环保状况进行鉴定。国家出入境检验疫局是我国负责检验进出口商品的主管机构，由该机构制定、调整并发布的《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录》，调整后的《检验检疫商品目录》涉及编码商品4113个。
我国商品检验的种类分为4种，即法定检验、合同检验、公证鉴定和委托检验。法定检验是指根据国家规定，对进出口商品实施强制性的检验，凡列入《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录》的进出口商品均属法定检验商品；进口时，海关凭商检机关拓报关单上加盖的印章放行。出口时，报验手续在向海关申报之前进行。海关凭商检机构的检验证书、放行单，或凭其在报关单上加盖的印章验放。
三、动植物检疫制度
为了防止动物传染病、寄生虫病和植物危险性病、虫、杂草及其他有害生物的传播和蔓延，保障我国农、林、牧、渔业生产和人体健康，维护我国的对外信誉，国家规定对进出境的动植物及其产品实施检疫。凡属应当施行动植物检疫的进出境货物，无论以何种贸易方式进出境，都应当在报关前报请入境或出境口岸的动植物检疫机构实施检疫，由动、植物检疫机构发给《检疫放行通知单》或在货运单据上加盖检疫放行章后，再向海关申报。
应实施动樾持检疫的范围包括进出境的动植物、动植物产品和其他检疫物，装载动植物、动植物产品和其他检疫物的容器、包装物以及来自动植物检疫区的运输工具。例如：
1、动物：家畜、家禽、兽、蛇、鱼、虾、蟹、贝、蚕、蜂等。
2、动物产品：生皮张、毛类、肉类、脏器、油脂、蛋类、血液、精液、胚胎、骨、蹄、角等。
3、植物：载培植物、野生植物及其种籽、种苗、繁殖材料等。
4、植物产品：粮食、稻类、棉花、油类、麻类、烟草、籽仁、干果、鲜果、蔬菜、生药村、木材、饲料等。
四、药品检验制度
药品检验是国家为了防止假药、劣药非法流入国内而制定的对进口药品（包括药材）实行检验的制度。我国对进口药品实行注册制度，即进口药品，须取得卫生部核发的《进口药品注册证》或《一次性进口药口批件》，经营进口药品的外贸企业，须具有卫生主管部门核发的《药品经营企业许可证》。药品到达口岸后，有关单位应及时向口岸药检所报检，海关凭药检所在进口货和报关单上加盖的已接受报检的印章放行。
对进口血液制品，国家规定从严掌握和限制，确属临床医疗需要进口的，进口单位庆事先报经卫生部批准。进口时，由口岸药检所审查批准文件，按规定程序实施检验后放行。
对进出口精神药物、麻醉药物，按照国务院发布的《精神药品管理办法》和《麻醉药品管理办法》的规定执行。精神药物由外经贸部指定的单位按照国家有关外贸规定办理，麻醉药品由中国医药保健品进出口总公司及地方分公司或由卫生部、外经贸部指定的单位办理。进出口时，应报卫生部审查批准，发给《精神药品进（出）口准许证》、《麻醉药品进出口准许可证》，海关凭准许可证验放。
五、食品检验制度
食品检验指的是按照我国卫生标准和要求对进口食品、食品原料、食品容器、食品添加剂、包装材料等进行检验的制度。
进口时，由国境卫生监督机构进行卫生监督、检验。海关凭国境食品卫生监督机构出具的证书放行。出口食品，由国家进出口商品检验部门进行卫生监督、检验，海关凭上述机构的检验证书放行。
六、濒危物种管理制度
濒危物种管理是指濒于灭绝和有灭绝危险的野生动物和植物，范围包括列入《濒危野生动樾的种国际贸易公约》附录1和附录2文件中的全部物种。长期以来，人类在获得发展的同时，由于各种原因造成自然资源面临枯竭的危险，许多野生动植物灭绝的速度加快，成为珍贵稀有野生动植物。一旦自然生态失去平衡，危及的将是人类自身。为此，国际上要求保护濒危物种的呼声越来越高，管理上越来越严。在我国，有识之士不断呼吁制止滥捕滥杀珍贵、濒危野生动物的行为。我国现已加入了《濒危野生动植物种国际贸易公约》，并制定了《中华人民共和国野生动物保护法》。林业部也下发了《关于保护珍贵树种的通知》等许多法规。
此外，我国还制定了旨在与自然生态环境保持和谐的可持续发展战略。根据国家规定，凡进出口中国已加入的国际公约所限制的进出口野生动物或者其产品的，出口国家重点保护野生动物或者其产品的，必须经国务院野生动物行政主管部门或者国务院批准，并取得国家濒危物种进出口管理机构核发的允许进出口证明书，涤冯凭允许进出口证明书查验放行。凡出口含珍贵稀有野生坜植物中成药，出口痢，凭国家濒危物种进出口管理办公室签发的允许出口证明书向海关报关。
七、文物管理制度
文物是一个国家的历史文化遗产，有的文物甚至价值墨守成规城。因此，许多国家都立法加以保护，以防止文物的流失。
《中华人民共和国文物保护法》规定，凡有重要历史、艺术、科学价值的文物，除经国务院批准运往国外展览以外，一律禁止出境。对暂时进出境文物，如经国家批准的对外文化交流、出口展览、合作研究等项目或其他需由甸驻外机构人员、出访人员携带、托运或邮寄的暂时出境文物，在出境前，由当地文物出境鉴定站根据批准文件和文物清单、照片，查验无误后签发出境证明；复带文物进境时，须根据清单、照片进行复验，海关凭出境证明按暂时出境货物予以验放。对出口文物或个人携带文物出境，必须在报关前，和国家文化行政管理部门指定的省、自治区、直辖市文化行政管理部门鉴定，海关凭该部门盖的火漆标志或文物出口证明放行。国家对需要办理鉴定的出境文物的品种作出了规定，在一些地方还成立了文物鉴定站负责此项工具境外人员托运、携带文物出境的，还应在报关时交验用外汇购买的文物销售发票。
八、金银、外汇管理制度
根据国家有关金银管理条例的规定，出口金银制品，必须向海关递交中国人民银行制发的《金银制品出口准许证》，海关凭准许证验放。
为加工出口成品需从国外进口的金银原料，应当在进口后持进口报关单到中国人民银行办理登记手续，以便出口时审查发证。
根据国家有关对携带外汇进出境管理的规定，进出境人员携带外汇出入境超过规定数额，应视情况向银行申请“携带证”或向当地外汇管理局申请核准，银行凭核准文件签发“携带证”，海关凭“携带证”放行。
九、进口废物管理制度
进口废物，俗称“洋垃圾”，是指在生产建设、日常生活和其他活动中产生的污染环境的有害物质、废弃物质，包括液态废物和气态废物。国际上列入有害废物管理的共有23项。
据估计，全球每年产生垃圾100亿吨，有害废物3亿多吨，这些垃圾和废物绝大部分得不到有效处理，由此出现有害废物和垃圾的跨国间转移。一些发达国家将大量工业和生产垃圾，特别是有害废物以各种名义，通过各种渠道向发展中国家转移，我国也成为转移的受害对象。
我国于1990年加入了联合国环境计划署通过的《控制危险废物越境转移及其处置的巴塞尔公约》。国家环保局、外经贸部、海关总署、国家工商局、商检疫站局联合颁布了《废物进口环境保护管理暂行规定》并于1996年4月1日起施行。
《暂行规定》禁止进出境外废物在境内倾倒、堆放、处置。限制进口可以用作原料的废物，对列入国家限制进口可用作原料的九大类废物的进口，须经国家环保局审批，其他废物严禁进口。
《暂行规定》还对进口可用作原料的废物的申请和审批手续作了严格规定，实行环境保护风险责任，海关凭国家环保局签发的《进口废物批准证书》和口岸所在地商检机构的检验合格证明验放。对检验不合格的废物，海关依法责令退运和任罚款处理。对违反规定北朝将境外废物进境倾倒、堆放、处置，或擅自进口废物用作原料的行为，依法严肃处理，构成犯罪的，将追究刑事责任。
十、知识产权的海关保护制度
知识产权保护是近年来国际社会普遍关注的一个重要问题，面对与国际贸易有关的知识产权侵权在全球范围内的不断蔓延，许多国家海关纷纷采取保护措施，有关国际组织也在积极行动。1985 年世界海关组织制定了《关于授权海关实施商标和版权保护的国内立法的示范法》。关税与贸易总协协定乌拉圭回合谈判最终于1994年形成了《与贸易有关的知识产权协议》（简称TRIPS）。1995年国务院第179号令发布了《中华人民共和国知识产权海关保护条例》，于当年10月1日起实施。该条例对知识产权边境保护的宗旨、范围、海关职权及义务、知识产权备案、保护申请、担保、调查和处理、8法律责任等问题作出了明确规定。
其内容主要包括：
1、保护范围：受中国法律保护的，并与进出境货物有关的商标权、著作权、专利权；
2、法律依据：凡受中国法律、行政法规保护的知识产权侵权货物禁止进出口，表明了中国政府对保护知识产权所持的基本立场；
3、保护备案；知识产权权利人需要海关对其知识产权实施保护，应当向海关总署备案；
4、保护申请：海关除对侵权货物可以扣留外，原则上应由知识产权权利人请示海关采取保护行动；
5、担保：申请人请求海关扣卵巢进出境货物时，应当提供与进出口货物到岸或离岸价格等值的担保金，以防因错扣而引起的赔偿损失要求及承担相关费用；
6、处罚：海关可没收侵权货物并可同时处以罚款。
