1、海关监管：境外货物进入保税物流中心给予保税；境内货物进入保税物流中心视同出口离境，立即退税。
2、外汇管理：中心内企业视同境外企业，与境外之间的经济往来以外币计价结算。
3、税收政策：对符合条件的入驻企业给予下列优惠：企业交纳的增值税，按税额的12%奖励；交纳的企业所得税，按税额的25%奖励；缴纳的营业税，按税额的30—70%奖励。根据企业主要业务，给予不同年限的全额或减半奖励。
4、税金补贴：企业租用保税物流中心管委会提供的办公用房和仓库、堆场的前三年给予租金40%的补贴，后两年给予20%的补贴。
5、人才引进：对中心内企业高层管理人员的骨干业务人员，其配偶子女在太仓落户，子女在太仓就学，市各职能部门提供优质服务，给予优先办理。
6、市场准入：对企业登记实行网上申报和市工商局直接受理审批，对因涉及前置审批需先取得公司主体资格的，实行预备登记制度。
