上海洋山港首期码头营运有新内容，受船东关注的港口装卸包干费收已定出，明年正式营运时，港区装卸包干费价格将执行外高桥港区2004年的价格，为以后的提价预留空间。上港集团则批准外高桥港区装卸包干费以今年的标准，加价一成。因此，洋山港与外高桥港区收费形成有两成差距。和黄港口控股有份的上海集装箱码头有限公司(SCT)的装卸包干费价格不变。
上海将出现三种收费
这样一来，上海地区港口与码头将出现至少三种收费标准，外高桥港区装卸费收将成为全国港口集装箱港口收费指标。外资船东对洋山港首期的收费普遍认为有吸引力，他们称，内地港口装卸费是以交通部颁发的规定行事，但上海的做法颇特别，外商投资港口收费经特别批准比内地地方营运者的港口要高，对外高桥港区的收费提高一成来与洋山港形成高低差距，是新港口开港一种变通办法来吸引船公司，目的是增加吞吐量，但亦留下未来加价的伏笔。
据《上海券证时报》透露，洋山港设计首期港口吞吐量在三百万箱。预计2006年全上海港口集装箱吞吐新增量基本全在上市公司，其中外高桥5期带来约280万箱、洋山港区带来约300万箱的增量。上市公司的集装箱吞吐量将从2005年的944万箱增加到2006年约1460万箱，同比增加55%，将创出近年来的最高增速。
明年设计吞吐量300万箱
另外，洋山港一期码头已于2005年9月4日实现了首次远洋轮试靠，11月将进行试生产，2006年初将正式运转。公司计划届时将欧洲线调配至洋山港区，保证当年该港区集装箱吞吐量达到300万箱左右。而上港集团日前已知会上海地区所有班轮公司，将于十一月将欧洲线所有周班轮调往洋山港区靠挂，大约有十三至十四条线受影响。同时，外高桥港区可更好地接纳其它航线航班。
为提升运力，2006年起提供洋山港至外高桥港区的运驳服务。这样将部分解决洋山港东海大桥输运能力不足的问题，另外也可提升洋山港和外高桥港区的联动和互补。
洋山港成首家保税港资格
另据媒体报道，上海有关官员日前透露，面积大大超过保税园区、新增「中转、采购、国际贸易」等功能的中国首个保税港将在上海洋山国际深水港建成。而该项目已得到国务院批覆。
洋山港所闢的保税港面积超过四平方公里，在规模上大大超过面积只有一、二平方公里的保税园区，此外，中转、采购、国际贸易等功能的增加，也使保税港有别于一般保税园区，而更添了自由贸易区意义。
洋山港成为中国首个保税港，将有利于洋山港的国际中转业务的开展，使得该港口在分流上海老港区箱量的同时，有望提升国际中转比例。目前上海港的国际中转比例仅在1%左右。虽然国际中转业务有相当长的培育时间，目前尚难以推断，但保税港的政策优势增添了洋山港的成功机会。
