煤炭运输问题也是困扰煤炭行业多年的问题，不仅是中国，世界上主要的煤炭出口国家澳大利亚和南非的煤炭供应也都受到运输基础设施不足的影响，比如全球最大的煤炭出口港澳大利亚纽卡斯尔港在2004年初就面临有史以来最大的运输压力，51艘货轮排队等货长达3周之久；全球第二大煤炭出口港南非理查德湾是供应欧洲用煤的主要港口，该港口也长期受铁路运输设施制约影响出口量，煤炭运输方面的制约一定程度上导致了煤炭价格的飞涨。
中国煤炭运输压力与其他国家不同，主要是体现在铁路运输方面，全国铁路货物运输总量的40%以上用来运煤炭仍显紧张，近一两年来运输部门积极开发公路运煤和水路内贸煤的运输以解“燃煤”之急；另外，随着大秦线和侯月线增运能力到位，我国煤炭运输压力将得到极大缓解，有利缓解煤炭价格上涨。
据此预测，在煤炭运输方面，2006年铁路运力增长8%左右，达到12亿吨；水运量增长速度12%，与2005年接近，其中是内贸煤的水运量增长18%。
