2006年夏秋航季，国航进一步优化了航线结构，新增了多个国内、国际航班。同时，新“两舱”改造力度不断加大，高端旅客服务水平得到进一步提升。
国际航线方面，北京至洛杉矶航线每天一班，取消北京至旧金山航线的经停点；中德航线每周达到六十三班，自营航线中北京至法兰克福每周十一班、上海至法兰克福每天一班、北京至慕尼黑每天一班，同时北京至莫斯科航线每日一班直飞往返；北京/上海飞往澳洲每天一班，并减少了经停点。此外，国航自2006年3月27日，已经开通北京/上海-法兰克福-巴西圣保罗-法兰克福-北京/上海航线，北京/上海-法兰克福-巴西里约热内卢-法兰克福-北京/上海航线，成为首家开通南美航线的中国航空公司。国航还将在2006年6月16日开通北京直飞越南胡志明市航线，在冬春季还计划开通北京至印度德里、北京至德国柏林等国际航线。国内航线方面，陆续开通北京-珠海、北京-义乌、北京-晋江、北京-丹东、北京-丽江-重庆-北京、上海-宜昌、广州-兴义、成都-沈阳、成都-达州、杭州-桂林、杭州-张家界、杭州-呼和浩特、重庆-济南、重庆-郑州、重庆-合肥、重庆-兰州、重庆-贵阳、呼和浩特-满洲里、呼和浩特-天津-青岛-天津-呼和浩特、贵阳-铜仁、贵阳-黎平等21条国内航线。
为了提高服务水平，满足高端客户需求，自2004年11月开始，国航斥资6.8亿元对波音747、空客340飞机的头等舱、公务舱座椅及客舱环境进行了全面升级改造。新两舱座椅可平躺，舒适、宽大；新型互动娱乐系统内容精彩纷呈；多制式电源插座可满足多种需求。继北京-纽约航线后，截至2006年5月1日，北京-法兰克福、上海-法兰克福航线将完成两舱硬件和服务升级；到2006年7月1日，国航美国航线（北京-纽约、北京-洛杉矶和北京-旧金山）全面升级为新两舱机型和新的客舱服务标准。
