人民币汇率形成机制改革对于边境贸易的影响，与边境贸易的结算币种有着密切的关系。总的来看，边境贸易长期在金融服务较为落后、汇率波动较为频繁的环境中发展，对于汇率波动的承受能力比一般贸易更强。具体说来，边境贸易进口以美元结算为主，人民币汇率形成机制改革对其的影响是正面的；边境贸易出口结算币种已经实现了一定程度的多元化，人民币汇率形成机制改革对边境贸易出口的短期影响不大。
从边境贸易进口方面看，我国边境贸易进口结算中可自由兑换货币占绝大部分，并且主要是通过银行办理结算。从边境贸易的进口商品结构来看，主要是我国经济发展中急需的原材料、资源产品。人民币一定程度的升值，可以增强人民币的购买力，降低境内的边境贸易企业的进口成本，从而促进边境贸易进口的发展。
从边境贸易出口方面看，目前，我国已经与俄罗斯、蒙古、越南等七个毗邻国家签订了《双边支付结算协定》，在边境贸易中可以使用人民币或毗邻国家货币进行结算。在边境贸易出口的结算中，已经在一定程度上实现了结算币种的多元化。2004年，人民币和毗邻国家的货币在边境贸易出口结算中已分别占10%左右。人民币汇率形成机制改革以后，企业可以选择直接使用人民币或毗邻国家的货币结算，规避汇率风险。因此，短期内人民币汇率形成机制改革对边境贸易出口的影响不大。
