前高雄港高层邓有义认为，两岸无法直航，货源难以开拓是台湾自由贸易港区推广困难最大因素之一。
邓有义一日在“中华海运学会”的一场演讲会上表示，两岸无法直航，就无法带动货的成长。今年前四个月，台湾港口货柜总装卸量已经出现负成长，目前高雄港几家物流业，仅有阳明海运旗下的好好物流较有成绩，但是也无法进入加工层次。
退休前后曾两度赴大陆访问的邓有义指出，相较于中国大陆，这几年台湾进步不够，港口发展已经开始边缘化，以高雄港来说，对航的厦门港已经有不少远洋线母船直接弯靠，运来高雄港转运的货量已经接近开始减少，让人相当忧心。
“行政院”参议林素如则指出，自由贸易港区在规划时，岛内各港提出的计划书，都作非常乐观的预期，远翔航空货运园区也估计可以带来八千亿元新台币产值、两万个就业机会；但是实际执行后，高雄港至今仅有远森网科与高群装卸提出申请，远翔则表示征询上万家公司，仅有两家公司表示愿意投资。
岛内最大海运承揽业沛华集团创办人林光曾经向当局表达有意投资自由贸易港区，对于该集团打退堂鼓，他说自己与远翔董事长叶钧耀一致认为，自由贸易港区不自由，海关不肯退出，也不肯采取按月汇报制，大大影响了投资意愿。
