自国泰与国航交叉持股结成战略联盟之后，双方货运业务的整合率先被提上日程。据国泰行政总裁陈南禄透露，双方计划在上海成立一家合资货运航空公司以争取长三角地区的货源，这将使此前国航与东航合力打造内地最大航空货运公司的计划充满变数。
长三角货运市场一直是航空业兵家必争之地。新加坡货运航空及长城工业总公司投资10亿元设立的长城航空月初已正式开航，上海航空也正在与台湾长荣航空筹备设立上海货运航空公司，而台湾中华航空去年就已通过收购海航旗下的扬子江快运进军上海，这使得此前一直由东航把持的上海航空货运市场竞争骤然升级。
基于做强内地航空货运与外资巨头相抗衡的考虑，国航与东航从年初就开始寻求货运业务的融合。但现在，国泰吞并港龙与国航交叉持股带来了中国航空业的一场巨变，国航、东航、南航三足鼎立的平衡格局正悄然改变，国航牵手东航设立合资货运公司的基础也开始动摇。在国航入股国泰的公告中，国航明确宣布，将与国泰在上海设立一家合资货运航空公司，却只字未提东航。国泰企业传讯部负责人则明确告诉记者:“国泰设上海货运基地，只会与国航合作，不涉及东航。”市场人士分析，国泰、国航货运合资不排除全部货运业务整合的可能性。目前，国泰货运实力已排名世界第四，其14架波音747大型货机的机队和庞大的国际网络，加上港龙、国航的货运业务，将形成香港、上海双枢纽发展格局，在成为内地航空货运市场龙头企业的同时，还将挑战大韩航空、汉莎航空和新加坡航空在全球货运市场的领先地位。
